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超大基因组组装Contig N50 可达2.8Mb

贝纳基因使用Nanopore测序实现超大复杂植物基因组(15.8Gb、高重复高杂合)组装,Contig N50高达2.8Mb,最长序列达到22Mb。Nanopore PromethION单张芯片测序产出达到110Gb的数据,整个Nanopore建库和测序工作4天完成。
 


测序过程中通道状态记录



单张芯片的reads长度分布


质控后的reads长度分布

 
经过4天建库和测序,总共获得了1008Gb数据,pass reads N50为32kb,组装后Contig N50 达到2.8Mb。
 

测序数据统计




组装结果统计



贝纳基因 Nanopore 测序的优势
贝纳基因做为国内首批引进 Nanopore PromethION 测序平台的公司,拥有多年的高通量测序,三代测序和 Nanopore 测序,以及生物信息分析经验,在Nature 和 Science 系列杂志发表多篇学术论文。
贝纳基因使用 Nanopore 平台完成全球第一个大型复杂植物基因组菊花基因组的组装和后续分析工作。提出和推动千种本草基因组计划,并构建药用植物基因组数据库,推动药材研究的发展。
 
贝纳基因药用植物基因组项目经验(部分)


Nanopore 测序技术简介
Nanopore 是基于纳米孔的单分子实时电信号测序技术。其技术原理是 DNA 双链在马达蛋白的带领下与镶嵌在生物膜上的纳米孔蛋白结合并解螺旋,在生物膜两侧电压差的作用下,DNA 双链以一定的速率通过纳米孔通道蛋白,由于 DNA 双链上不同碱基化学性质存在差异,所以当单个碱基或 DNA 分子通过纳米孔通道时,会引起不同电学信号的变化。通过对这些信号进行检测及对应,即可计算获得相应碱基的类型,完成序列的实时测定。
 
Nanopore 测序特点
1)体积小。
2)读长长,比 PacBio 测序的还要长平均读长能够达到几十到上百 Kb,最长读长能达到2 Mb 以上。
3)能直接读取出甲基化的胞嘧啶,不用像二代测序那样需要事先对基因组进行 bisulfite 处理。
4)数据实时读取,并且起始 DNA 在测序过程中不被破坏。
5)成本低,比 PacBio 测序便宜。
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