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Nanopore R10.4芯片 | 贝纳基因组组装数据大公开

使用Nanopore “ Q20+”试剂盒与R10.4测序芯片相结合的测序技术,单链(simplex)准确度可以达到Q20,双链(duplex)可以达到Q30,同时实现了共有序列的高精度识别,使得测序性能大幅度提升,高准确性基因组组装成为可能。

 

近期,贝纳基因结合“Q20+“试剂盒与R10.4测序芯片,利用不同组装软件(flye、nextdenovo、necat)对基因组进行组装,选取了两个植物样本作为本次的测试数据,实测数据展示如下:

 

表1利用flye、nextdenovo对植物一进行基因组组装

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基于Nanopore R10芯片 100X的测序深度,分别利用flye、nextdenovo软件对植物一基因组进行组装,二代纠错前后,基因组QV值均大于40,且无显著差异,表明使用“Q20+“试剂盒与R10.4测序芯片获得的序列,在组装准确度方面提升明显。

 

表2 利用flye、necat、nextdenovo对植物二进行基因组组装

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基于Nanopore R10芯片 50X的测序深度,分别利用flye、necat、nextdenovo软件对植物二基因组进行组装,组装后基因组QV值在40左右,且二代纠错前后,QV值及各指标并无显著差异。

 

从测试结果来看,两个植物样本基因组组装mapping rate均大于99.5%,BUSCO均大于94%。经过芯片及算法的升级,QV值得到大幅度提升。相较于旧版R9芯片QV25-30,本次组装纠错前QV值可以达到40左右,与HIFI组装QV值相差不大(40-50),同时,基于R10芯片50X数据,即可达到Nanopore100X常规数据、HIFI 30X reads的组装质量。此外,二代纠错前后,不同组装软件组装的基因组各指标(QVBUSCO等)均无明显差异,表明R10组装目前可能不需要二代纠错步骤,即可获得高准确度的基因组

 

综上,采用“Q20+“试剂盒与R10.4测序芯片相结合的测序方法,可以在保证数据读长与产出的基础上,同时极大提升基因组组装精确度,有望助力广大科研工作者轻松获得高连续性、高准确度的超高质量基因组!

 

 

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