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全长宏基因组
 
全长宏基因组测序是指提取特定环境(土壤、水体、肠道等)中微生物菌落总的DNA,利用Nanopore测序技术得到这些DNA的完整序列,通过生物信息分析,研究环境微生物的物种分布、群落结构,以及基因功能和代谢网络的技术。可以识别更多耐药基因、多重耐药基因,可组装得到一些细菌的完成图。

优势




图1 粪便样品物种饱和度模拟曲线
注:x轴表示数据量;Y轴表述基因数。粪便样
品Nanopore数据达到20G趋于饱和。粪便类样品所
有样品数据总和不低于20Gb,土壤样品不低于30Gb。


2 不同指标比较
注:a Nanopore测序reads N50 和illumina组装Contig N50比较柱
状图,nanopore得到的序列N50长度比illumina组装contig N50还长
很多;b 不组装的nanopore reads 和组装illumina的contig鉴定到的耐药基因
比较柱状图(he Y. et al., 2019)。

生物信息分析流程图
应用领域和样品类型

全长宏基因组广泛应用于人类健康、农业、环境保护、发酵和新能源等领域。适合样品类型如下:
 

 
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