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全长宏基因组
 全长宏基因组测序是提取特定环境(土壤、水体、肠道等)中微生物菌落总的DNA,使用Nanopore测序技术得到这些DNA的完整序列,通过生物信息分析研究环境微生物的物种分布、群落结构及基因功能和代谢网络的技术。可识别更多耐药基因、多重耐药基因,可组装得到一些细菌的完成图。


全长宏基因组的优势
超长读长:N50可达3-10Kb,最长read达100Kb以上,可跨越长复杂区域。[1]
功能挖掘准确:差异基因分析更准确,毒力因子分析更全面。
准确挖掘抗性基因:挖掘更多抗生素抗性基因、多重耐药基因。[1]
获得基因组完成图:binning后组装获得物种、菌株基因组和质粒基因组。
修饰信息保留:可同时检测6mA, 5mC等碱基修饰信息。



图a:Illumina Contig柱高代表通过Illumina平台测序得到的数据组装之后Contig的长度,Nanopore Min及Nanopore Max分别代表通过Nanopore平台测序得到的reads长度的最小值及最大值;图b:Nanopore与Illumina两个平台测序数据经过分析得到的抗生素抗性基因数。
 
研究领域 样品类型
人类健康 粪便、肠道内容物、牙菌斑、阴道分泌物、体液(唾液、灌洗液、脑脊液)
土壤环境 农田、林地、草原
水体环境 污水、河流、湖泊、海洋
极端环境 冻土、盐湖、冰川、火山
其他环境 植物体表、空气、生物反应器、模拟菌群
 
[1] Che Y , Xia Y , Liu L , et al. Mobile antibiotic resistome in wastewater treatment plants revealed by Nanopore metagenomic sequencing[J]. Microbiome, 2019, 7(1).

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