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基于Nanopore测序的真菌基因组组装,是采用多种拼接软件和方法寻找最优基因组组装策略,构建高质基因组contig序列,两轮Racon纠错后,用二代数据进行两轮Pilon纠错,得到近染色体水平的真菌基因组准完成图。
Sample Genome length Contigs N50 Min Max
M01 35,285,615 8 4,119,573 3,221,876 7,819,315
M02 8,965,027 8 1,300,838 41,678 1,515,373
M03 39,061,637 8 5,956,987 39,572 6,694,482
M04 37,800,384 9 5,335,048 39,069 7,000,358
M05 33,306,468 10 4,615,082 57,351 9,442,567
M06 51,186,472 15 5,967,548 59,860 7,014,649

实测案例
注:M01、M02组装出的染色体条数与前人报导、核型分析一致,已达到完成图级别。

真菌基因组准完成图的优势
能跨越高重复区域和高复杂区域,解决了高重复、高杂合基因组的组装难题。
基因组组装指标实现从Kb到Mb的跨越,得到近染色体水平的准完成图。
可以直接检测到甲基化修饰信息,对于表观遗传学的研究有重要意义。


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Suresh P , Hiroshi H , Ishijima S A , et al. Utilization of Hybrid Assembly Approach to Determine the Genome of an Opportunistic Pathogenic Fungus, Candida albicans TIMM 1768[J]. Genome Biology and Evolution, 2018(8):8.
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