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Smart 细菌完成图是指先用高准确度的二代数据( Illumina或BGI-seq)对基因组进行组装,组装过程中使用Nanopore长序列对有分支的点进行覆盖,连接成完成图,最后再用二代数据进行纠错。该策略可以快速得到高质量的细菌基因组完成图,错误率降低到0.001%水平。

Smart细菌完成图的优势
更快捷:测序完成后一周内完成全部分析内容。
更经济:用更少的经费获得更多成果。
更准确:二代数据决定准确度,错误率低至0.001%;较使用三代数据直接组装后纠错错误率降低一个数量级。
无偏好:无GC偏好,全基因组均匀覆盖,高GC/低GC基因组首选。



GC content 72.5735%
Size 6.4Mb
Depth of Illumina 297
Depth of Nanopore 152
Coverage of Illumina 99.9997%
Coverage of Nanopore 100.0000%
Miss Base of Illumina 19bp
 
应用方向
病原微生物:人类感染、动物感染、植物感染等
工业方向:抗生素生产、酸奶发酵、能源利用等
环境科学:微生物资源利用、重金属治理、外来无所谓防御控制、极端环境微生物等

文献推荐
Nicola DM, Liam PS, et al. Comparison of long-read sequencing technologies in the hybrid assembly of complex bacterial genomes [J]. Microbial Genomics, 2019.
Michelle T S , Settlage R E , Lahmers K K , et al. Fusobacterium Genomics Using MinION and Illumina Sequencing Enables Genome Completion and Correction[J]. Msphere, 2018, 3(4).
Margaret M C L , Wyres K L , Duchêne Sebastian, et al. Population genomics of hypervirulent Klebsiella pneumoniae clonal group 23 reveals early emergence and rapid global dissemination[J]. Nature Communications, 2018, 9(1):2703-.
 
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