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Smart细菌完成图
 
Smart 细菌完成图是指先用高准确度的二代数据( Illumina或BGI-seq)对基因组进行组装,得到高质量的Contig,然后用Nanopore数据将contig连接成完成图,最后再用二代数据进行纠错。该策略可以快速得到高质量的细菌基因组完成图,错误率降低到0.001%级别。
由于Nanopore数据有一定比例50Kb以上的大片段,因此可以使用该方法进行。PacBio数据长片段的比例非常低,不适合使用该方法对细菌基因组进行组装。




高GC实测案例




技术路线


1Gb二代数据,1Gb Nanopore数据;二代数据连接Contig的过程中,对有重复序列的地方,使用长序列的Nanopore reads 进行覆盖,选择正确的连接方式,构建细菌完成图。然后使用二代数据对基因组进行纠错,提高没有二代数据覆盖区域的准确度。构建高质量的细菌完成图,错误率降低到0.001%水平。



分析内容



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