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mRNA-Seq:基因结构、表达、功能研究

针对mRNA进行测序和分析。可用于:
结构分析:如从头构建转录本、优化已有基因结构、发现新基因、发现新转录本、发现融合基因、鉴定RNA编辑、检测变异;
表达分析:如基因在各个样本中的表达定量、样品间差异表达基因鉴定、基于时间序列的表达分析;
功能挖掘:针对结构分析和表达分析结果进行功能的挖掘,具体方法包括PCA分析、表达模式聚类、共表达网络构建、富集分析等。








· 建库测序


承诺采用主流正品试剂和测序仪,承诺更高的数据质量


正品试剂盒

正品耗材

采用 Illunima 、NEB 公司的主流试剂盒进行文库构建。


Hiseq测序仪

主流测序仪

采用目前最主流的Hiseq系列测序仪进行测序,使测序数据质量更可靠。

碱基质量Q30>80%

更高数据质量

我们承诺碱基质量Q30>80%。

· 转录本重构

不同物种,不同方案


发现新转录本

模式物种

对于有完善基因组的模式物种,如果除了基因表达,还希望研究基因结构,可以利用转录组发现新的转录本。

优化基因结构

非模式物种

对于大多数非模式物种,基因组目前还是草图,除了基因表达,还可以利用转录组优化基因结构。

从头构建

无参考基因组

对于没有参考基因组的物种,可以利用转录组数据从头构建转录本。

· De novo拼接

更少冗余,可靠性评价



Trinity拼接

主流拼接软件

无参考序列时,我们首先采用目前公认最优秀的软件Trinity进行拼接。


Corset聚类

去除冗余数据

使用最新Corset软件对拼接结果进行聚类, 去除约40%的冗余数据。

BUSCO评价

完整性评价

基于OrthoDB同源序列数据库,对De novo拼接结果的完整性进行评价。

· 功能注释

全面的功能注释和分类

UniProt

功能注释

Swiss-Prot含55万条手工注释的蛋白序列;TrEMBL作为其补充,含6500万条机器注释的序列。



EggNOG

基因家族

EggNOG是一个orthologous groups数据库。可以按照基因家族对基因进行分类。



Gene Ontology

功能分类

Gene Ontology分类是基因功能国际标准分类体系。从细胞组分、分子功能和 生物过程三个方面描述基因功能。


Pathway

生物通路

KEGG Pathway收集了大量手工绘制的Pathway, 是目前最主流的Pathway数据库。

· 差异表达

不限次调整软件及参数



DESeq2/edgeR

合适的差异软件

不同项目设计,尤其是生物学重复数目的设计,需要采用不同的差异分析软件。我们会为您选择最合适的软件进行分析。

logFC/FDR

灵活调整

通常采用logFC、FDR两个参数来筛选差异表达基因,我们会根据项目设计和您的要求,不断调整参数,直到您满意。



GO/Pathway/?

富集分析

除了GO和Pathway的富集分析,我们还可以根据您自己构建的分类进行富集分析。

· 定制分析服务

您的科研与众不同


 

Heatmap绘制及聚类
直观展示基因的表达模式
参考价格:免费
交付周期:2个工作日
数据要求:基因在各样品中表达量(FPKM或RPKM等标准化)数据
分析方法:使用R语言绘制热图,并基于基因的表达情况对样品或基因进行层次聚类
 

样品间相关性分析
评估生物学重复之间的相似性
参考价格:200元
交付周期:2个工作日
数据要求:基因在各样品中表达量(FPKM或RPKM等标准化)数据
分析方法:使用R包计算样品间的相关性指标(如皮尔森相关性系数)后,进行绘图

主成分分析(PCA)
降低数据复杂性,研究样品于基因表达之间的关系
参考价格:500元
交付周期:2个工作日
数据要求:基因在各样品中表达量(FPKM或RPKM等标准化)数据
分析方法:使用R包分析并绘图
 

 
Network作图
直观表示基因之间的调控关系

参考价格:500元
交付周期:5个工作日
数据要求:基因间调控关系的对应文件(可使用共表达分析结果)
分析方法:使用Cytoscape软件绘制Network图
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