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绝对定量全转录组测序采用数字标签(UMI)技术,追溯每一个文库片段,实现mRNA、lncRNA和miRNA的绝对化、数字化的精准定量

真实定量 序列都被唯一UMI标记,消除PCR扩增偏好性,真实反映样品中转录本的丰度。

qPCR验证率99%以上

真实序列 通过对相同UMI标记的相似序列进行纠错,确保转录本真实性。
转录组测序在文库扩增时,PCR步骤影响结果准确性。常规转录组测序建库由于PCR扩增偏好性,反转录的DNA序列不能同比例扩展,定量结果与样本中转录本的起始丰度不一致,影响定量结果的准确性。贝纳科技推出的绝对定量转录组测序,采用UMI标记技术,在文库扩增前通过UMI标记每一条逆转录的cDNA序列,消除PCR扩增偏好的干扰,真实反映样本中转录本的丰度。
UMI会伴随片段扩增、测序、分析的全过程。同一个片段经过PCR扩增出来的产物带有相同的UMI,测序完成后采用UMI追溯每一个片段的来源,将相同来源的片段(具有相同的序列和UMI)合并,可以去除PCR扩增重复,准确还原样本扩增前的原始状态。同时扩增和测序的错误会使得相同UMI对应多条不同序列,通过比较这些序列的相似性,即可纠正,确保真实的转录本。



选择48个差异表达基因,并进行qPCR验证。左图为普通RNA-seq与qPCR实验结果相关性分析图,右图为全定量转录组与qPCR实验相关性分析图。绝对定量测序qPCR验证率可达99%以上。

参考文献


Shiroguchi K, et al. Digital RNA sequencing minimizes sequence-dependent bias and amplification noise with optimized single-molecule barcodes. Proc Natl Acad Sci U S A. 2012 Jan 24;109(4):1347-52

Kivioja T, et al. Counting absolute numbers of molecules using unique molecular identifiers. Nat Methods. 2011, 9(1):72-4

 


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