DeepSeek拯救生信小白！手把手教你5分钟搞定PCA图_技术分享_市场与支持

DeepSeek拯救生信小白！手把手教你5分钟搞定PCA图

发布时间：2025-09-02 14:46:14 作者：贝纳科技

AI写代码

阿里通义： https://chat.qwen.ai

Deepseek： https://chat.deepseek.com

1. 国内使用AI推荐使用阿里的通义千问或Deepseek，首先打开对应网址。

2. 说清楚需求（现阶段AI虽然很强大，但没办法预知你的实际情况，所以在提需求时尽可能的说详细），如有必要，可以开启深度思考或者联网搜索。如果输出的代码是一段一段的，你可以让AI一次性输出完整的代码。

我的电脑刚安装R和Rstudio，我现在需要根据现有文件分析绘图，需求如下：

我有一个基因表达量文件和一个分组文件，都是txt格式。

其中表达量文件的第一行为行名，后面每一行代表一个基因，第一列是基因，后面每列代表一个样本。

分组文件有行名，第一列是样本名，和表达量文件中的样本对应，第二列是分组名。

请根据数据用R语言计算并画一个PCA图。

如果可以的话，画图请优先使用ggplot2，并且请一次性输出完整的代码。

3. AI输出代码后点击代码右上角复制按钮接口复制

ps：也可以使用文章后面的代码

企业微信截图_17567843417319

安装和配置R和Rstudio

RStudio：目前公认最好的 R 语言 IDE。下面3个请依次安装：

1. 安装时推荐全部使用默认设置，直接下一步；更改了安装路径的，容易因为路径问题报错。

2. 完成后双击打开Rstudio，如果出现一个选择的对话框，选择64位，点OK。

3. 依次点击：顶部 Tools → Global Options → 左侧Packages → 点击Change → 选择一个国内的镜像 → 依次点击OK返回。

4. 后续安装其他R包步骤：顶部Tools → Install Packages → 输入要安装的包名(例如：ggplot2) → Install。

运行代码

1. 打开Rstudio

2. 依次点击：顶部File → New File → R script

3. 将代码粘贴到左上角的代码框中，并将文件路径替换为自己的实际路径（路径可以在此电脑中选中文件，右键，复制文件地址获得）。然后将路径中的\替换为/或者\\（这一步仅限Windows端，其他系统不需要）。

4. 鼠标放到第一行，反复点击代码框右上角的run，代码就会一行一行往下运行。也可以全选再点击run，可以一次性全部运行。

5. 第一次运行可能会出现错误于library(ggplot2): 不存在叫‘ggplot2’这个名称的程序包，可以直接将报错信息给AI，问他如何解决。也可以按照上一节第四步安装需要的R包。后续安装其他R包步骤：顶部Tools → Install Packages → 输入要安装的包名(例如：ggplot2) → Install。

6. R包都安装好后再次运行，此刻在此电脑的左侧点击文档文件夹，就能看到png格式的图片了（也可以让AI将其保存为其他格式）。

导出为PPT方便编辑

现在图片虽然有了，但不够美观，一般我们有3种优化方式。

让AI继续美化，比如更改配色，更改形状等，但终究不太方便。

让AI将图片输出为svg或PDF等矢量图格式，然后用Adobe Illustrator编辑。

将图片输出为PPT格式，直接在PPT里面编辑。

我们可以先使用第一种方法进行基础美化（如果他输出的代码片段不知道加载哪里，可以让他输出美化后的完整代码）。再输出为PPT调整细节。

这里需要注意的是不是所有图片都能够直接输出为PPT，一般兼容ggplot2语法的都可以（所以我在最开始问AI的提示词中表明让他优先使用ggplot2绘图）。这里推荐两个包，都可以导出为PPT，大家按需取用。

esquisse

1. 安装R包esquisse、officer和rvg，安装方法同上。后续安装其他R包步骤：顶部Tools → Install Packages → 输入要安装的包名(例如：ggplot2) → Install。

2. 在Rstudio左下角输入esquisse::ggplot_to_ppt()然后点击回车运行。

3. 选择变量p，然后点击export，稍等片刻就会直接打开PPT（记得另存为）。