服务上新 | isoRNC-seq全长翻译本三代测序上线,解码翻译调控与可变剪接
01 前言
全球首发,原创技术!贝纳基因联手新使生物率先推出isoRNC-seq全长翻译本长读长测序,将翻译组学与三代长读长技术深度结合,开创翻译研究新维度。
这是首个真正意义上的全长翻译组技术,不止挖掘翻译的mRNA,还能从翻译角度寻找全长异构体(isoform)!
Q:可变剪接与异构体是什么?
同一个基因在转录后,常常会经过不同方式的可变剪接,从而产生多个不同版本的转录本,这些不同版本就被称为异构体(isoforms)。不同异构体可能编码出结构和功能差异显著的蛋白,在癌症等疾病中,某些异常异构体往往成为驱动疾病发生发展的关键因素。
02 技术原理
本技术通过蔗糖垫超速离心富集与核糖体结合的mRNA,从而捕获处于翻译状态的转录本。采用Nanopore长读长测序(cDNA建库),一次性获取完整的转录本序列,包括外显子结构、可变剪接信息以及全长异构体isoform的组成。
贝纳基因携手新使生物将RNC富集与三代长读长测序相结合,推出全球首个的isoRNC-seq全长翻译本长读长测序。与传统RNA-seq、RNC-seq或三代转录组测序不同,这一流程不仅能够获得转录本的全长信息,还天然携带“正在翻译”的标签,从而直接描绘出全长翻译本的分子图谱。
03 技术创新点
1. 原创技术首发:早占先机,为文章增加亮点
2. 全长+翻译双重维度:不单纯是转录本信息,而是挖掘正在被翻译的全长转录本信息
3. 异构体精细解析:精确到单条翻译本,可以探索可变剪接与翻译的关系
4. 翻译效率定量:从三代测序角度计算和比较不同的翻译效率(TE)
5. 多维度解析:研究可变剪接、异构体组成、ncRNA翻译潜力和功能富集
6. 适用广泛:肿瘤免疫新抗原发现、药物作用机制、非模式物种翻译组学
04 应用场景
1. 肿瘤可变剪接的探索:在肿瘤中,许多异常并非源自基因突变,而是由可变剪接与翻译异常造成。通过全长翻译本测序,可以精准识别哪些异构体真正被翻译,翻译本中又有哪些可变剪接
2. 可变剪接调控机制:专门区分不同isoform的翻译能力,研究异构体在发育/疾病中的功能分化
3. 药物与放疗机制研究:对比药物处理前后全长翻译本变化,从翻译角度找到药效敏感基因
4. 非模式生物研究:直接解析未知物种的翻译异构体图谱
05 贝纳基因&新使生物双平台优势
1. 适用多物种:哺乳动物、植物、真菌均可操作
2. 样本适配性强:兼容多种细胞系与组织样本,满足不同研究场景需求
3. 翻译组分析专业性:新使生物拥有完善的仪器设备和丰富的翻译组技术和分析经验
4. 长读长测序专业支持:贝纳基因拥有国内领先的Nanopore平台,保证三代测序项目的稳定性与高质量输出
5. isoRNC-seq项目灵活选择:可选择poly(A)富集或rRNA去除作为RNA提取策略,满足多样化实验需求
06 标准数据交付
1. 数据质量评估
2. 翻译本组装(可选)
3. 翻译本定量及差异表达分析
4. 翻译本注释及可视化
5. 可变剪接与异构体分析
6. 翻译效率TE计算(可选)
7. 功能富集分析
07 个性化分析
1. 可变转录起始位点TSS分析
2. 可变多聚腺甘化位点(APA)分析
3. 非经典RNA读码框鉴定及分析
4. miRNA靶位点分析
5. 其他特殊分析需求
08 我们的服务
• 全流程服务:从样本处理到翻译本富集、Nanopore长读长测序、数据分析全套服务
• 原创算法与分析:专为全长翻译本开发的算法和搭建的pipeline
• 科研合作与支持:全套翻译组服务,支持高水平文章产
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