Q1：代谢组学一般建议做多少个生物学重复？
相较于基因和蛋白，代谢物处于生命活动的下游，动态波动性大，因此为了减少个体差异等，需要更多生物学重复来增加数据的可靠性和说服力。例如植物和微生物可以使用 6-8 个重复，动物 10 个及以上重复。具体仍需结合关注的代谢物质、样本情况和经费情况综合设计。
Q2：代谢组的样本为何不建议老师分两批检测？
不同批次之间会有批次效应和基质效应存在，会导致两批鉴定的结果存在一些差异。批次效应主要指在不同批次处理和测量中系统上的技术差异，如不同批次间仪器的响应会发生变化，可能导致一些含量低的物质只在一个批次里被检出，又或者仪器的波动会导致物质的峰面积整体发生变化，比如变大或变小，导致定量不准确。基质效应是指流动相组分、样品中与目标分析物共提取的其他物质也会同时进入质谱系统，这些物质可能会影响目标分析物在质谱中的离子化过程，使得目标分析物的质谱信号增强或者减弱。如因为实验设计或采样的原因，必须将样本分两批检测后续合并分析，也可以使用一些方法来尽可能地减少批次效应。目前，代谢组学研究中常用的批次效应校正(BEC)方法大致分为三类：基于内标的方法，基于质控样本(QC)的方法，和基于数据驱动(Data-driven)的方法。其中，基于 QC 的法是当前代谢组学研究的主流方法，要求客户保证前后两批次的样本使用同一批 QC矫正。
Q3: 怎么让我的代谢组学检测结果比较可靠？
可以用一些质控手段，一般有空白，内标和 QC。通过空白的 TIC 我们可以看出柱子有没有上一个项目的残留，仪器是否干净；内标可以用来观察保留时间是否偏移，以及对数据做归一化处理。QC 可以衡量仪器的稳定性，做批间矫正，筛选 feature。
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