全长lncRNA测序

全长IncRNA测序是指无需对去除rRNA后的RNA进行打断，直接获取逆转录cDNA的5’端到3’端全长序列。不依赖于Poly(A)尾富集，同时对含有Poly(A)尾和不含有Poly(A)尾的IncRNA转录本进行鉴定和定量，并系统全面的进行可变剪切分析。

一、产品优势

1.无需拼接,直接获得全长lncRNA序列

2.对IncRNA转录本进行定量

3.鉴定lncRNA的可变剪切

4.捕获mRNA、tRNA、小RNA等其它类型的RNA

二、技术流程

三、应用方向

发育生物学

肿瘤学研究

免疫感染

环境毒理研究

Q：全长lncRNA测序的取样建议？

全长lncRNA测序细胞总量≥ 1 X 107个起送，全长转录组植物组织送样量须达到至少0.5g，动物取新鲜组织，组织体积要小，尽量长宽高≤0.5cm ，所切组织块的大小可参考绿豆颗粒的大小，送样量须达到至少0.2g。血液样本通常建议送新鲜血样，哺乳动物全血：2.5-5ml；鱼类、禽类、两栖类全血：0.5-1.0ml 及以上。

Total RNA的送样要求：

Q：全长lncRNA测序能测到mRNA吗？

可以，全长lncRNA测序的结果中包含mRNA，以及不含polyA的lncRNA。

Q：全长lncRNA测序一般推荐测多少G数据？

全长转录组测序所需数据量与所研究物种的基因组大小有关，基因组越大，则所需数据量越大。一般来说：常规物种一般建议12G数据；基因组较大的物种，研究低丰度的转录本和可变剪接时，推荐测20G以上数据。

Q：全长lncRNA测序能测到miRNA吗？

测序结果中包含一部分miRNA，但是由于miRNA太短，测到的数量有限，如果是关注miRNA，推荐用二代的小RNA测序。如果即关注长的lncRNA，又关注短的RNA，推荐使用全长lncRNA测序。如果仅关注长的RNA，可用磁珠筛选长的RNA之后，再进行建库。

项目案例 抑制炎症新机制！核应激体重塑基因组，靶向NFIL3或成脓毒症克星(Cell, IF=45.5)

细胞稳态受精细调控，哺乳动物细胞在应激时会启动多种防御机制，包括形成由SatⅢ  RNA组装而成的核应激体（nSBs）。然而，nSBs在维持细胞稳态和病理生理中的作用尚不明确。

本研究通过Nanopore全长转录组和全长IncRNA测序技术，发现在热休克（HS）或业神酸钠（SA）刺激后HeLa细胞中的SatⅢDNA被广泛激活转录，产生大量包含GGAAU重复单元的SatⅢRNAs（包括多聚腺苷酸化和目多聚腺苷酸化的RNA）。

本研究阐明了灵长类特有的nSBs在细胞应激响应中的新机制：HS或SA应激感知触发SatⅢ异染色质基因座的快速扩张和转录激活，驱动nSB形成高度有序 的分层结构：SatⅢ  RNA构成核心，热休克因子HSF1环绕SatⅢ形成中层，着因子SAFB在HSF1周围形成外壳状结构。

nSB的形成导致局部基因组空间结构重组，使邻近基因（如转录抑制因子NFIL3）靠近nSB区域，增加其染色质可及性，并促进nSB招募的转录因子（HSF1，BRD4）结合NFIL3启动子，从而显著增强其转录。

在巨噬细胞中，nSB组装驱动的NFIL3上调是抑制关键促炎细胞因子（TNF，IL-1β，IL-8）产生、限制过度急性炎症反应的关键环节。这一关键机制在脓毒症患者中得到验证。

该研究不仅首次揭示了异染色质-常染色质动态转变在基因调控和炎症抑制中的新功能，阐明了nSBs在细胞应激响应中的核心机制，更重要的是，为脓毒症的预后评估和靶向NFIL3的治疗策略开发提供了强有力的科学依据。

参考文献

Xiao-QiLiu,et al. De novo assembly of nuclear stress bodies rearranges and enhances NFiL3 to restrain acute

inflammatory responses. Cell,2025

LncRNA（长链非编码 RNA）是一类转录本长度超过 200nt，不编码蛋白质的RNA分子。目前lncRNA的研究不够完善，因此我们需要进行新lncRNA的预测。使用CNCI、CPC2以及 PLEK三个软件对新转录本进行编码潜能预测，取这些没有编码潜能的转录本交集作为可靠的预测结果。

统计各软件预测为 noncoding 的转录本条数绘制韦恩图，直观的展示各个方法预测出的 noncoding 转录本共有和特有的数目。

LncRNA 预测结果韦恩图

根据新lncRNA在基因组上相对于已知转录本的位置，我们将新LncRNAs 划分为以下几类：基因间区长链非编码lncRNA（Intergenic LncRNAs，简称lincRNA）、内含子长链非编码RNA（Intronic LncRNAs）、反义长链非编码RNA（Antisense LncRNAs）和正义长链非编码RNA（Sense overlapping LncRNAs）。新LncRNA类型统计图如下：

新lncRNA类型统计

根据各比较组合的显著差异表达lncRNA，进行火山图分析。

差异表达lncRNA火山图

对lncRNA的差异靶基因进行富集分析，结果展示如下：

差异靶基因（顺式）GO 富集分析 dotplot 图

差异靶基因（反式）PATHWAY 富集分析 barplot 图

基因转录生成的前体 mRNA（pre-mRNA），有多种剪接方式，选择不同的外显子，产生不同的成熟 mRNA，从而翻译为不同的蛋白质，构成生物性状的多样性。这种转录后的 mRNA 加工过程称为可变剪接或选择性剪接（Alternative splicing）。通过 suppa2软件获取每个样品存在的可变剪接类型，对转录本发生可变剪接事件情况进行统计。

可变剪接类型分布图

可变剪切的差异分析就是对可变剪切产生的 isofrom 进行定量，然后进行差异分析。使用 suppa2（DiffSplice） 鉴定组间差异可变剪切，差异可变剪切数量统计如下表。

表 差异可变剪切类型统计表